1941年12月，太平洋战争爆发后香港沦陷，邓铁涛携家人回到广州，在太平南路药材店坐堂应诊，同时担任华南最大抗日武装东江纵队秘密交通站的地下交通员。邓铁涛不顾个人安危，以医生职业为掩护，经常与东江纵队派来的同志上街购买游击区的急需的各种物资。东江纵队委派彭会同志和他单线联系。
同在香港“文艺通讯社”有一位名叫谭军的青年，受到邓铁涛启发和激励，毅然参加了东江纵队。邓铁涛还动员懂英文的药材行少东家冯元杲阅读进步书籍，一起参加交通站工作。
若干年后，彭会在《关于东江纵队驻广州地下交通站的回忆》一文中披露了这段鲜为人知的历史，文中回忆说：“东江纵队司令部一位女同志交给我两个关系：一位是中医师邓铁涛，他在太平南路一家中药店替人看病抓药；另一位姓冯，他家在十三行开药材行。经请示后，我们又将这两处作为联络点，因为看病和抓药更便于接头。”
1946年东江纵队奉命北撤烟台，邓铁涛与东江纵队彭会单线联系从此中断。此后，他辗转于武汉、广州之间为人诊疾治病，坚持救危济世。
在地下斗争中，邓铁涛与多位战友结下了深厚且坚定的革命情谊，多年未变。
